中國水產科學研究院立足國家需求和產業發展，不斷推進漁業關鍵技術創新，促進科技成果轉化，為我國漁業經濟快速發展做出積極貢獻。建院以來，水科院共取得各類科研成果3800余項，獲得國家和省部級獎勵760多項，其中國家獎57項，以占全國水產科研單位20%左右的科技人員，取得全國水產行業約50%的國家和省部級獎勵成果。

2008年以來，在國家相關科研項目的資助下，水科院面向保障國家食物安全的重大戰略，瞄準世界漁業科技前沿，在科技創新和實際應用方面取得了一系列重要進展，共獲得7項國家級獎勵。通過遠洋漁業資源開發與高效利用、魚類基因資源發掘與種質創制、優良品種培育與產業化推廣、重要養殖對象苗種規模化繁育與健康養殖技術應用等國家級科研成果，為新時期推動我國漁業產業升級發展發揮了重大原創性作用。